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Lucy, une diclonius (mutante aux pouvoirs
très dangereux, créée par les humains), est gardée dans un laboratoire
de haute sécurité dans lequel des études sont réalisées sur ces êtres
surhumains. Suite à un accident, elle parvient à s'échapper en tuant
sauvagement toute personne entravant son chemin. Une fois à l'extérieur
du bâtiment, un garde sniper réussit à la toucher en pleine tête et la
fait tomber dans la mer.
Le lendemain, Kouta un jeune garçon qui revient dans sa ville natale, Kamakura, donne un rendez-vous à sa cousine Yuka
qu'il n'avait plus vue depuis son enfance. Ils décident alors d'aller à
la plage, où ils jouaient quand ils étaient enfants avec la petite
soeur de Kouta, Kanae, morte suite à une grave
maladie. Là-bas, ils rencontrent une jeune fille mystérieuse qui a
apparemment perdu la mémoire. Sans savoir où elle habite, Kouta et Yuka
l'emmènent chez eux et lui donnent un prénom, Nyuu (le seul mot que celle-ci arrive à prononcer).
Mais suite à l'évasion qui s'est produite au laboratoire, l'Unité d'Assaut Spécial (S.A.T.) a reçu le feu vert pour éliminer la fugitive, Lucy qui se révèle en réalité être la mystérieuse Nyuu...